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L'UMR AMAP est pionnière d'approches novatrices liant écologie végétale et numérique. Au sein de cette UMR, le Cirad recrute un.e ingénieur.e développeur d'algorithmes de traitement de nuages de points 3D, pour l'étude et la quantification de la plasticité architecturale des plantes ligneuses en peuplements forestiers et agroforestiers tropicaux.
Un enjeu majeur de l'unité est d'appliquer l'analyse architecturale des plantes à l'échelle de communautés végétales en exploitant des données massives issus de capteurs de terrain (Lidar terrestre ou aérien, photogrammétrie, digitaliseur...). A partir de ces données, vous construisez des solutions numériques s'appuyant sur des concepts et connaissances métiers pour inférer les traits fonctionnels architecturaux d'un grand nombre d'individus et/ou d'espèces en peuplements forestiers ou agroforestiers. Vous interagissez avec des botanistes, agronomes et modélisateurs, pour :
- Permettre, sur les plantes individuelles, l'extraction automatisée ou semi-automatisée de traits structuraux et fonctionnels en utilisant des formalismes géométriques de reconstruction 3D ou des formalismes implicites passant par une discrétisation de l'espace en voxels.
- Extraire, sur des communautés forestières (naturelles ou en systèmes agroécologiques), des indicateurs et grandeurs caractérisant la structure de la végétation et/ou la distribution de la biomasse par type d'organe (bois/feuille...)
- Développer des approches innovantes, proches de la physique et de la géométrie des capteurs, exploitant au mieux les données acquises, leurs spécificités et qualités pour l'extraction de paramètres biophysiques (transmittance, angles foliaires...)
Vos développements s'articuleront avec des acquis et des outils existants, sur l'interface et l'assimilation de données avec les simulateurs de croissance de plantes (e.g. Functional-Structural Plant Model) ou de dynamique des peuplements (e.g. Individual-Based Models). Vous serez attaché.e à l'opérationnalité, à la pérennité, à la documentation, à la diffusion de vos développements, et à leur frugalité, de la conception à l'exploitation.
Vous contribuerez, avec vos collègues de l'UMR et du réseau MaCS4Plants (https://macs4plants.cirad.fr/), au financement de vos activités de recherche par votre participation (et/ou la coordination) au montage et à la réalisation de projets de développement, de recherche et d'expertise. ,.
Vous développerez des projets R&D avec les collectifs de recherche de l'unité (thèmes ARCHI, FSPM, TETROFOR, BIAS, réseau MaCS4plants et leurs partenaires) conformément aux usages et bonnes pratiques du Pôle d'Informatique Scientifique d'AMAP auquel vous êtes rattaché.
Vous communiquerez sur vos travaux via des publications académiques ou techniques.

Vous contribuerez à la formation d'étudiants, des partenaires du Nord et du Sud aux outils et protocoles développés dans le cadre des chantiers prioritaires de l'unité sur le continuum forêt-agroforêt en Afrique centrale, Amérique du Sud, Asie ou dans le Pacifique.
Vous êtes titulaire d'un diplôme de doctorat ou d'ingénieur d'un établissement de la conférence des grandes écoles dans les domaines des mathématiques ou de l'informatique appliquées.

Vous disposez de solides connaissances en mathématiques appliquées, notamment dans plusieurs des domaines suivants :
- Structuration de données en nuages de points et leur traitement
- Géométries dans l'espace (y compris géométries discrètes, projectives et variétés riemanniennes), pavages de l'espace
- Géométrie différentielle (ingénierie inverse)
- Traitement du signal et d'image, simulation de capteurs
- Modélisation géométrique, représentation et visualisation
- Mise en œuvre d'approches IA : réseaux de convolution, autoapprentissage, réseaux rémanents, réseaux sémantiques
- Gestion de données Lidar, données massives, fusion de données multi sources et multi échelles

Vous avez l'expérience et la maitrise du développement de codes et des environnements de développement partagés :
- Langages : python, C++, autres (Julia sera un plus)
- Environnements dédiés : Matlab, R, QGis
- Bonnes pratiques logicielles (Github, documentation, forges, bench, …), notions de droits sur le numérique (licences)

Une expérience en imagerie et/ou traitement du signal est un plus.

Vous maitrisez la communication scientifique et technique, et êtes confortable en anglais, à l'oral et à l'écrit. Vous avez une expérience de publication scientifique.

Vous partagez l'éthique et les enjeux du Cirad, pour une science ouverte au profit de tous et plus particulièrement des Suds.

Vous êtes curieux, ouvert, vivement intéressé par l'application des sciences formelles pour le vivant.
Vous appréciez le travail en équipe et le contexte multidisciplinaire.

Vous avez une appétence pour le travail collaboratif avec des partenaires des Suds et la mobilité géographique (missions principalement et expatriation possible)

Vous avez la culture du respect des engagements, vous explicitez vos actions et vos réalisations.

Vous êtes en mesure d'être source de proposition et d'innovation tout en s'inscrivant dans les cadres et enjeux collectifs.

Vous apprécieriez de vous impliquez dans les collectifs, au sein de l'unité, et du Cirad en général.


Merci de bien vouloir indiquer dans votre CV des références de responsables sur de précédentes fonctions que nous nous permettrons de contacter.

Vos avantages sociaux : Vous bénéficiez d'un 13ème mois, plus, en mobilité géographique, d'indemnités spécifiques en fonction de la localisation et de la composition familiale. Vous bénéficiez également d'une assurance sociale complète quelle que soit la localisation.