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Ingénieur Bioanalyse du génome à la sélection F/H


Détail de l'offre

Contexte

Département / Unité (affectation future)

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.  

Référence

P-BIOS-AGAP-2018-10-CDI-1866  

Date de fin de diffusion

22/11/2018

Description de la future affectation

Domaine

Science - Sciences biologiques

Type de contrat

CDI

Intitulé

Ingénieur Bioanalyse du génome à la sélection F/H

Date de début

02/01/2019

Description du poste / de la mission

A 80% de son temps, le/la personne recrutée contribuera aux projets de recherche de l'équipe par les analyses de données haut-débit -omiques (e.g. génomique, transcriptomique etc.) en lien avec les données expérimentales brutes ou modélisées (e.g. phénotypiques), par exemple :
• assemblage de données de reséquençage de génomes, de séquences transcriptomiques (RNAseq, etc.),
• Identification en masse de marqueurs moléculaires et étude de leur polymorphisme,
• dissection moléculaire de régions génomiques aux QTLs et des gènes associés,
• cartographie de points de recombinaison des génomes.
Il (elle) assurera la gestion FAIR de jeux massifs de données omiques issus des projets (e.g. plans de gestion de données, standards de métadonnées) permettant notamment de les lier (e.g. association génotypes – phénotypes).
Enfin, il (elle) sera en charge de la gestion, de l'intégration des données analysées et des développements relatifs au portail web dédié aux espèces travaillées par l'équipe.
A 20% de son temps, il (elle) s'impliquera dans les activités transversales du pôle de Bioanalyse de l'UMR AGAP. Il (elle) partagera son expertise avec autres équipes de l'UMR au travers :
• de support à des besoins en bioanalyse,
• de groupes de travail ou formation dédiés à des thématiques de recherche,
• de partage de programmes, documentations, ou de protocoles.

Profil souhaité

Ingénieur ou Master 2 à minima, spécialisé en analyse de données massives appliquées à la Biologie.
Compétences en bioinformatique (méthodes et outils d'analyse), maîtrise d'un langage informatique (Perl ou Python), connaissance d'un système de Gestion de base de données (PostGreSQL, MySQL), expérience en développement Web de système de bioinformatique sera un plus,
Expérience en analyses génétiques haut-débit nécessitant des méthodes de bio-statistiques par exemple pour établir le lien entre des données omiques (e.g. génomique, transcriptomique etc.) et des données expérimentales normalisées ou modélisées (e.g. phénotypiques)
Compétences en génétique végétale.
Minimum de 2 années d'expérience en analyse de données massives en lien avec la génétique.
Rigueur, autonomie, goût et sens du travail en équipe et la prise d'initiative.
Une capacité d'interaction avec des porteurs d'autres équipes ou disciplines sera appréciée.
Aptitude à des missions à l'étranger en particulier dans des pays du Sud.
Maîtrise indispensable de l'anglais (écrit et oral).
Aptitude à la diffusion de résultats et à la formation scientifique ou professionnelle à des partenaires.

Contraintes du poste

- Travail sur écran supérieur à 4 h
- Déplacements France et Etranger fréquents selon les besoins du service

Poste ouvert aux

Cadre

Localisation du poste

Localisation du poste

France

Précision sur la localisation (DR, ville)

Montpellier

Description complémentaire de la future affectation

Lieu de rattachement

Métropole

Demandeur

Renseignements sur le poste - Prénom

Norbert

Renseignements sur le poste - Nom

BILLOTTE

Renseignements sur le poste - Email

norbert.billotte@cirad.fr