Passionné.e par l'expérimentation végétale et la compréhension du fonctionnement des plantes et de leur diversité, l'UMR AGAP Institut (Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes méditerranéennes et tropicales) au sein du CIRAD (Centre de coopération international en recherche agronomique pour le développement) vous accueille pour vous accompagner dans le développement de vos compétences vers un profil polyvalent de pilote d'expérimentation et d'analyste en bio-informatique.
Au cours de ces deux années, vous développerez vos compétences sur deux axes :
Axe 1 : Expérimentation végétale et analyses des données phénotypiques
Vous contribuerez au pilotage d'expérimentations végétales en milieux contrôlés et sur le terrain pour évaluer les réponses de différents génotypes de maïs et de sorgho à des contraintes environnementales. Vous prendrez part à la définition des protocoles d'expérimentation, aux suivis des essais, à la production des données et aux analyses et interprétations des résultats produits. Ces informations permettront de préciser les réponses du sorgho et du maïs à différents scénarios environnementaux, informations centrales pour l'optimisation des programmes de sélection.
Axe 2 : Bio-informatique : identification et caractérisation des régions Cis régulatrices de l'expression des gènes
Vous contribuerez au développement des analyses bio-informatiques visant à comprendre la variabilité d'expression des gènes en fonction des génotypes et des conditions environnementales au travers de l'identification et de la caractérisation des régions cis-régulatrices des gènes. Pour ce faire vous mobiliserez des outils d'analyses préexistants que vous adapterez aux espèces ciblées (Sorgho, Maïs mais aussi Riz) et contribuerez au développement des workflow d'analyses bio-informatiques que vous utiliserez ensuite. Pour mener à bien ces analyses vous tirerez parti d'information disponibles dans le domaine public et de jeux de données produits au niveau du CIRAD.
Vous serez accueilli.e au sein de l'équipe Génétique et Innovation Variétale de l'UMR AGAP Institut. Cette équipe a pour objectif d'optimiser les méthodologies d'amélioration des plantes au travers de la mobilisation des informations issues des approches écophysiologiques et génétiques. Les informations qui seront issues des analyses que vous mènerez seront ensuite mobilisées dans le cadre de la prédiction des valeurs génétiques des candidats à la sélection.
En réalisant ces deux années d'apprentissage, vous travaillerez avec des chercheurs en écophysiologie, en bio-informatique et en génétique au sein d'une unité dédiée au développement de systèmes de production végétale mieux adaptés aux environnements du futur et aux demandes des utilisateurs et consommateurs. Vous développerez des compétences adaptées à la prise en charge de projets de recherche ciblant la compréhension et d'optimisation du fonctionnement des plantes.

Formation : Titulaire d'un BAC +3 en biologie, et en formation actuellement en Master en Management et expérimentation végétale
Savoir Faire :
• Aptitude à définir des protocoles d'expérimentation végétale : identification des besoins, des outils, définition des dispositifs
• Compétences en pilotage et suivi des expérimentations végétales : acquisition des données, suivi des conditions environnementales
• Compétences et appétence vis à vis des analyses des données phénotypiques
• Compétences de base et intérêt pour la mobilisation des analyses statistiques
• Compétences de base en utilisation de R pour les analyses de données et les analyses statistiques
• Fort intérêt pour la bio-informatique et l'analyse des données génomiques au service de la compréhension du fonctionnement des plantes et leur sélection
• Intérêt pour la programmation (UNIX, Python…) visant la mise en œuvre d'analyses bio-informatique
• Capacité de lecture d'articles en anglais

Savoir-être :
• Intérêt et aptitude au travail en équipe. Les pilotages des expérimentations seront en effet partagés avec un ingénieur. En complément, les travaux d'expérimentation et de bio-informatique seront dirigés par des personnes référentes différentes
• Bon sens de l'organisation et aptitude à organiser son temps entre pilotage des expérimentations et analyses bio-informatiques
• Capacité à prioriser les activités
• Être force de proposition
• Être capable de rapporter les résultats et les problèmes rencontrés
• Autonomie
• Curiosité