Le Cirad recrute un.e ingénieur.e en bio-informatique pour l'UMR CIRAD/INRAE ASTRE (Animal, Santé, Territoires, Risques, Ecosystèmes) dont l'objectif est l'amélioration de la santé animale par des approches intégrées, pluridisciplinaires et intersectorielles. L'affectation sera à Montpellier, au sein du collectif Vecteurs constitué de 19 agents. Les activités seront menées au titre des activités de référence et de diagnostic dans le cadre de la convention DGAl entre le Cirad et le Ministère de l'Agriculture.

Vous appuierez les recherches sur la caractérisation des interactions hôte-vecteur-microbiote en interaction avec les chercheur.ses et doctorant.es de l'unité pour mieux comprendre l'épidémiologie des maladies prioritaires (virus/bactéries transmises par des arthropodes vecteurs). En particulier, vous participerez aux études sur la dynamique et l'expansion de populations invasives, la compétence vectorielle et les agents pathogènes et le microbiome portés par les arthropodes. Pour ceci, vous utiliserez des approches de génomique, de génomique des populations, de métagénomique et de métabarcoding.
Les modèles d'arthropodes cibles sont les tiques dures (Hyalomma) et les moustiques (Culex) d'intérêt vétérinaire/zoonotique en Méditerranée-Europe et dans les zones tropicales.

Plus spécifiquement, vous serez en charge de :
• L'assemblage et l'annotation de génomes de trois espèces de moustiques du genre Culex et de la comparaison des structures génomiques sur différentes échelles taxonomiques (au sein du complexe, du genre et de la famille),
• L'analyse des déterminants génétiques et génomiques des interactions vecteurs-arbovirus par RNAseq
• L'analyse de la diversité génétique des arbovirus West Nile et Usutu émises dans les salives de moustiques
• La recherche de SNPs dans des données de capture de séquence sur des tiques du genre Hyalomma, de l'appui aux analyses de génomique des populations et de recherches de signatures de sélection.
En collaboration avec les chercheur.es et les doctorant.es du collectif, vous appuierez l'adaptation de pipelines à l'analyse de séquence de métagénomique et de metabarcoding de communautés microbiennes de tiques.

En lien avec les bioinformaticien.nes de l'unité, vous transférerez vos compétences et votre expertise en nouvelles approches d'analyse des génomes par l'appui technique et méthodologique aux membres des collectifs, aux étudiant.es (IUT, BTS, Master, doctorat, licence) du Nord et du Sud et aux partenaires accueilli.es. Vous serez impliqué dans la valorisation scientifique en lien avec les responsables de projets.

Avantages sociaux :
Vous bénéficiez d'un 13ème mois, d'une assurance sociale complète, des avantages du comité d'entreprise (activités sociales, culturelles et sportives à prix réduits), flexibilité et télétravail possible.

Diplôme niveau Master 2 en génomique/bio-informatique.
Expérience d'au moins 1 an en analyse de données NGS (Assemblage, Mapping, annotation, recherche de motifs) calcul distribué sur cluster (SLURM) et d'utilisation de gestionnaire de pipeline
Maitrise de R et d'au moins un langage de script (python, perl)

Connaissances souhaitées en génétique de populations ou en phylogéographie ou phylogénie

Capacité et volonté de travailler sur différents modèles et avec différents interlocuteurs dans un environnement pluridisciplinaire

Des capacités de communication/pédagogie avec des non-bioinformaticien.es.

Goût du travail en équipe
Goût pour la transmission des connaissances, pour de la formation académique et continue
Sens relationnel
Sens de l'organisation
Autonomie et dynamisme