Le présent poste s'inscrit dans le cadre du projet SEMSOP : "SEnsibilité du Microbiome du SOl aux Produits phytopharmaceutiques : Implications pour la santé humaine et les écosystèmes à La Réunion".

La mission de la personne recrutée visera à valoriser des données déjà acquises sur un dispositif d'envergure récemment mis en place à La Réunion sur plus de 640 sites.

Capitalisée sur les projets TROPISM Réunion (https://tropism-reunion.org/) et BÎLO (fonds OFB), la base de données générée englobe des variables biologiques(données de métabarcoding des communautés microbiennes en short et long reads, ratio bactéries/champignons, biomasse microbienne totale), des données épidémiologiques (occurrence de gènes d'antibiorésistances et de pathogènes analysés par qPCR), des données physico-chimiques (contaminant trace organiques, caractéristiques agronomiques) et des données environnementales de description des parcelles.

Ce jeu de données, conséquent, sera pris en main par la personne recrutée qui aura pour mission d'étudier par le biais d'analyses multivariées diverses, les phénomènes de dysbiose des communautés du sols associées aux pesticides, et de comprendre l'impact des modifications induites en termes de fonctionnement du sol (projections fonctionnelles) et de santé humaines (AMR et pathogènes).

Les résultats de ces analyses devront être valorisés par des articles scientifiques dans des revues à comité de lecture à fort impact, et par un rapport d'étude à destination des acteurs de la gestion des sols et de la santé du territoire réunionnais.

La personne recrutée sera basée dans l'unité HortSys, sur le site de Baillarguet (Montferrier-sur-Lez, à proximité de Montpellier).

Le/la personne recruté.e sera appuyé.e par une équipe de 5 chercheurs (en agronomie, épidémiologie, écologie), une ingénieure de recherche, une ingénieure projet, et une technicienne basés à La Réunion.
Le/la personne recruté.e pourra s'appuyer sur un ou plusieurs stagiaires de niveau M2.

Le/la personne recruté.e devra effectuer au moins une mission à La Réunion pour restituer ses résultats auprès des partenaires et participer, avec l'équipe sur place, à des ateliers de concertation / co-construction portant sur la réflexion autour de pratiques limitant l'impact des pesticides sur la santé globale.

Formation recommandée : Docteur.e en épidémiologie/écologie microbienne.

Connaissances souhaitées :
- Modélisation et calibration de modèles.
- Bioinformatiques appliquée au traitement de données de métabarcoding.
- Traitement et analyse de données.
- SIG.

Expériences appréciées :
- Maîtrise du langage de programmation R et de la manipulation de jeux de données importants et variés.
- Une expérience d'utilisation d'une forge logicielle (GitHub, GitLab, etc.) serait appréciée.
- Une expérience / connaissance du fonctionnement du sol en contexte tropical et/ou insulaire serait un plus.

Aptitudes recherchées :
- Rigueur et sens de l'organisation,
- Autonomie et capacité d'initiative,
- Capacités rédactionnelles,
- Goût pour le travail en équipe.