Chercheur.se spécialiste en génomique fonctionnelle de bactéries phytopathogènes à dissémination aérienne
Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires. Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.

Le CIRAD recrute un.e chercheur.e spécialiste en génomique fonctionnelle de bactéries phytopathogènes à dissémination aérienne. Il.elle sera affecté.e au sein de l'UMR PVBMT (Peuplements Végétaux et Bioagresseurs en Milieu Tropical) qui est principalement localisée au Pôle de Protection des Plantes à Saint-Pierre de la Réunion. Il.elle intégrerera l'équipe Génomique et Epidémiologie des agents phytopathogènes émergents (GENEPI) dont l'objectif général est de mieux comprendre la biologie des microorganismes phytopathogènes ainsi que les facteurs pouvant conduire à leur développement épidémique. Les objectifs spécifiques de l'équipe GENEPI portent, dans un cadre partenarial avec les pays de la zone Océan Indien et d'Afrique de l'Est, sur (1) les histoires évolutives et les émergences de microorganismes phytopathogènes, (2) les capacités d'adaptation développées par ces microorganismes émergents face aux contraintes biotiques et abiotiques, et (3) le développement de nouveaux outils innovants et performants de diagnostic moléculaire et de lutte biologique contre des microorganismes phytopathogènes.

Les facteurs du succès épidémique des bactéries phytopathogènes, qui apparaissent de plus en plus clairement lignée-dépendants, demeurent largement méconnus. Le.la chercheur.se recruté.e s'appuiera sur les importantes ressources microbiennes et génomiques de l'unité PVBMT et de ses partenaires nationaux et internationaux, ainsi que sur les connaissances concernant les mécanismes évolutifs impliqués dans la plasticité du contenu en gènes pour (i) analyser le génome accessoire de Xanthomonas citri, (ii) rechercher les déterminants génétiques et moléculaires du succès épidémique de lignées de Xanthomonas (performance dans la plante, compétition entre lignées et dans un contexte One Health, adaptation à des pressions de sélection anthropiques [antimicrobiens, réchauffement climatique] …) et les caractériser en termes de modification de fitness, et (iii) analyser les processus évolutifs associés à l'acquisition de traits adaptatifs.

Vous maîtrisez les concepts de biologie évolutive, ceux régissant les interactions plantes-bactéries-environnement, et êtes intéressé.e par l'application de ces disciplines dans un contexte de recherche finalisée pour le développement.

Le profil recherché est celui d'un.e génomicien.ne titulaire d'un doctorat et de préférence ayant effectué en France ou à l'étranger un ou plusieurs contrats postdoctoraux sur des modèles procaryotes.

Les compétences requises sont les suivantes :
- Maîtrise des approches de génomique évolutive et fonctionnelle
- Maîtrise des outils bioinformatiques et biostatistiques dédiés aux analyses de génomes,
- Maîtrise d'approches méthodologiques visant à identifier dans les génomes des déterminants de fitness (mutagenèse dirigée, Tn-Seq…),
- Maîtrise du français et de l'anglais (parlé et écrit),
- Aptitude à la rédaction scientifique (publications internationales),
- Aptitude à répondre aux sollicitations des bailleurs, au montage/coordination et à la gestion de projets,
- Goût pour le travail en équipe et la communication,
- Volonté affirmée de travailler en milieu subtropical insulaire en collaboration avec des partenaires du Sud.

Le positionnement de ce poste est stratégique au sein de l'équipe et devra contribuer à la structuration d'une partie des activités partagées avec les autres équipes de l'UMR PVBMT, avec des unités (Cirad, INRAe et IRD) impliquées sur les bactéries de ce groupe taxonomique, notamment dans le cadre du réseau FNX, et avec des partenaires internationaux. De très bonnes capacités relationnelles sont donc nécessaires pour interagir quotidiennement au sein d'un collectif multidisciplinaire et pour monter des projets en collaboration avec des partenaires de recherche et de développement.
L'affectation dans des pays du Sud est une forme privilégiée de la recherche au Cirad. La première affectation est programmée à La Réunion après un séjour d'intégration à Montpellier. Par la suite, les affectations en France ou à l'étranger seront discutées entre le.la salarié.e et la direction.