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Moteur de recherche d'offres d'emploi Cirad

Chercheur.e en génétique sur l'adaptation et la résistance des agrumes aux stress biotiques


Détail de l'offre

Contexte

Département / Unité (affectation future)

Le Cirad (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement) produit et transmet de nouvelles connaissances pour accompagner l'innovation et le développement agricole dans les pays du Sud avec ses partenaires.

Il a pour objectif prioritaire de bâtir une agriculture durable des régions tropicales et méditerranéennes, adaptée aux changements climatiques, capable de nourrir 10 milliards d'êtres humains en 2050, tout en préservant l'environnement.  

Référence

P-BIOS-AGAP-2020-12-CDI-4398  

Date de fin de diffusion

15/02/2021

Description de la future affectation

Domaine

Science - Sciences biologiques

Type de contrat

CDI

Intitulé

Chercheur.e en génétique sur l'adaptation et la résistance des agrumes aux stress biotiques

Date de début

01/03/2021

Description du poste / de la mission

Au sein de l'UMR Amélioration Génétique et Adaptation des Plantes (AGAP) vous serez affecté.e dans l'équipe ‘Structure Evolutive des Agrumes, Polyploïdie et Amélioration Génétique' (Seapag) qui concentre son action sur l'amélioration des agrumes pour les filières méditerranéennes et tropicales en développant des recherches cognitives et méthodologiques tout au long du processus d'innovation, allant de la génomique à la sélection participative.

Seapag mène depuis six ans, en Guadeloupe, des recherches sur l'adaptation/résistance à la maladie bactérienne du HLB (Huanglongbing). L'équipe a tissé un large réseau partenarial et conduit de nombreux projets régionaux et internationaux sur cette problématique. Cette maladie, la plus dévastatrice pour les agrumicultures des régions tropicales et subtropicales, menace aujourd'hui le Bassin Méditerranéen. La recherche de résistances génétiques s'appuie sur une exploitation large du complexe d'espèce et la manipulation de la ploïdie pour créer des variétés triploïdes aspermes ou cumuler les caractères d'adaptation et de résistances chez des porte-greffes tétraploïdes.

Spécialisé.e dans les approches de génétiques d'association (QTLs, GWAS) et de sélection génomique, vous appliquerez ces compétences à l'étude des déterminants génétiques et moléculaires des résistances et adaptations des agrumes aux stress biotiques (en particulier au HLB) et à l'introgression dans les formes cultivées de gènes de résistance d'espèces apparentées.

Vous aurez pour principales missions :
• L'adaptation des méthodes de génétique d'association et de sélection génomique à des contextes de polyploïdie et d'inter-spécificité
• L'analyse des déterminants génétiques et moléculaires des tolérances et résistances au HLB
• La mise en place d'un schéma d'introgression, assisté par la génomique, des résistances dans les formes cultivées
• La conduite d'un projet d'amélioration des porte-greffes cumulant les performances agronomiques des porte-greffes traditionnels et la résistance au HLB

L'équipe est associée, dans le pôle de recherche « Structure & Dynamique des Génomes », à plusieurs collectifs partageant, sur d'autres plantes cultivées, des questions de recherches autour de l'interspécificité et de la polyploïdie. Vous travaillerez en étroite collaboration avec les autres chercheurs de ce pôle. De plus, vous participerez, en y portant ces aspects, à l'animation en génétique quantitative et méthodologies de la sélection qui est organisée plus largement dans AGAP. Vous bénéficierez ainsi d'un environnement scientifique propice pour développer vos recherches.

Profil souhaité

• Doctorat en génétique quantitative et amélioration des plantes ou doctorat dans une discipline afférente complété par une expérience professionnelle en génétique quantitative et amélioration des plantes. Une première expérience post-doctorale dans le domaine est souhaitée
• Bonnes connaissances de la génétique végétale et du fonctionnement des génomes. Compétences sur les déterminants des résistances aux maladies appréciées
• Compétences avérées en statistiques et en bioinformatique
• Maitrise des méthodes de cartographie génétique et génétique d'association, utilisant le génotypage haut débit (WGS, GBS, etc.)
• Pratique de gestion des données appréciée (compétences en PGD, partage de scripts, travail collaboratif)
• Capacité avérée à l'écriture scientifique
• Forte motivation pour travailler en équipe et en interdisciplinarité.
• Bonne pratique de l'anglais écrit et oral, bonne maîtrise du français
• Expérience de montage de projets appréciée
• Expérience de terrain appréciée
• Aptitude pour construire et conduire des collaborations avec des partenaires de développement et de recherche
• Aptitude et goût pour le travail en milieu tropical

Contraintes du poste

Travail en zone tropicale / humide / subtropicale

Travail sur écran + 4 h

Déplacements France et Etranger fréquents

Poste ouvert aux

Cadre

Salaire base France, hors indemnités d'expatriation le cas échéant

27-37 K€

Localisation du poste

Localisation du poste

Guadeloupe

Précision sur la localisation (DR, ville)

un mois à Montpellier ensuite Petit-Bourg

Description complémentaire de la future affectation

Lieu de rattachement

Métropole

Demandeur

Renseignements sur le poste - Prénom

Patrick

Renseignements sur le poste - Nom

Ollitrault

Renseignements sur le poste - Email

patrick.ollitrault@cirad.fr